C'est très certainement une carence en nutriments. Avec le surplus d'eau, il est probable que les éléments nutritifs aient été éliminés de la terre.
Ceci est courant pour les plantes en pots. Assurez-vous d'apporter régulièrement des compléments nutritifs à votre tilleul.
Une bonne solution serait de le replanter dans un pot plus grand.